没有精准检测就没有精准医疗! 目前基因检测对临床治疗有很大的意义。
基因检测的意义主要有以下几个方面:1.可以了解自身是否有家族性疾病的致病基因,预测疾病的风险,像是糖尿病,心血管疾病等,往往与遗传性因素有关。2.可以用于临床上疾病的诊断,采用基因检测的方法,不仅敏感度大大提高,而且在短时间内就能得出结论。3.基因检测还可以帮助患者正确选择药物。
那么基因检测的实验流程到底是怎样的呢?
受检者在医院采集血液样本或病理组织,或利用检测机构提供的样本采集装置如唾液采集盒、口腔上皮细胞采集棒等,按照要求采集样本并邮寄至检测机构。
外科手术台切下的病理组织,我们称之为标本。首先,需要在福尔马林等“固定液”里面浸泡12小时左右。如果固定不充分,细胞会自溶,就会十分影响后续病理医师做判断。
病理检测就是把病变部位的组织放大,借助光学显微镜一层一层进行观察。但是病理医师想要在显微镜下透过光看清楚,只有把组织切成薄薄的一层,薄到只有一两层细胞才可以。切片厚度要做到几微米厚。假如切下的只有1cm厚的组织,全部做成切片要多少张?1cm/0.0005cm=2000张!当然,全都制成切片是十分不现实。因此,在手术台切下的一大块人体组织中,病理医师需要切下其中最有诊断价值的几小块,由病理技术员制作成切片。
被选中的病理组织,会放进“包埋盒”。利用这个小盒子,可以把把这块组织制作成一个“蜡块”,就像包在琥珀里面的小昆虫一样,这样才方便我们切成薄片。
但是,这样做出来的切片是没有颜色的,我们称之为“白片”。怎么才能在显微镜下很方便地观察组织里的细节呢?那就是染色。最常用的一种染色手段,我们称之为“HE染色”。
最后一步——封片,就是用封固剂把载玻片和盖玻片封固。
经历了这一道道繁琐的工序,我们才能拿到这一张小小的切片!
先别高兴,这只是万里长征的第一大步!在显微镜下做诊断其实并不容易,这需要大量知识的学习和丰富的经验积累。单纯的普通HE染色,只是把细胞染上了颜色。有时,病理医师需要特殊染色技术,用来显示细胞内外的特殊化学物质或者真菌等,比如细胞分泌的粘液、胶原等。
随着科技的发展,人类发明了更高级的染色方法——免疫组化染色。简单来说,免疫组化染色,就是可以把特定的细胞染上颜色。而免疫组化染色的作用,也只是提供给病理医师更多的信息,无法将疾病一锤定音。具体是什么样的诊断,仍需要病理医师综合考虑。
血液样本是否合格,是否可以进行测序上机,样本质量怎么样?质控不合格,只有重新采样。标准流程只需要0.1-1μg DNA,DNA的OD 260/280在1.8-2.0之间,RNA的RIN值≥8.0。实验中发现,只要RIN值大于7,就可以获得比较满意的结果。(RIN:RNA完整值)。总的来说,质控两个指标:1)足够的DNA量;2)完整的DNA基因组。这个步骤在构建文库后上机测序前完成。
后续的文库构建。简而言之,获取足够量的/目的的/前期适合上机测序而标准处理的DNA。其程序主要有:片段化,连接,扩增。
通过前面的步骤,我们从患者身上的一块肿瘤组织或者一管血开始,然后分离提纯我们需要的基因组DNA,再把这些DNA打成小片段,然后再在这些DNA小片段两头接上识别标记和测序接头,最后再通过基因捕获技术筛选出目的DNA,根据需求PCR扩增。通过这么多步骤,就是为上机测序做准备。一句话,上机测序的过程就是读取这些DNA小片段的序列。
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